当前应用的电子显微镜根基上有两品种型:一种是用汞灯作光源，在落射光照明条件下，.引发在活动室中以水平偏向活动着的细胞悬液，丈量细胞发出荧光脉冲的强度。这种体系灵敏度高，但徕卡电子显微镜不能够丈量前向散射光，因而不能够用于测定细胞体积，也不能够对细胞进行分类处理。第二种是用激光引发，在这种体系中细胞按重力偏向活动，这品种型的仪器具备宽泛的应用远景。

  细胞悬液通过样品进来管被压进喷嘴的中心，同时无细胞液体通过另一进来管也被压入喷嘴，形成了困绕细胞悬液的壳液，由于这种同轴活动的设计使得细胞能够连结在流束的中心。壳液的直径普通为50^1005m(关于细胞分类器)或2505m(关于细胞剖析器)。电子显微镜通过调治壳液和细胞悬液的压力，使样品束的直径连结在10-30um摆布，通过喷嘴的圆孔放射出来。
  由于激光的高强度和单色机能，普通都用激光作为荧光和散射光丈量的光源，最经常使用的是觅离子激光器，电子显微镜也可用氮氖激光器。通过适当的光学体系使激光形成5.05m宽的光束。当同轴活动的细胞和壳液与激光相遇时，用荧光染料染色的细胞被激光束引发而产生荧光，在与引发光束成90。角的偏向网络荧光，并用阻断滤片制止照明的引发光通过，而只容许荧光透过。再用一个二色反射镜和别的两种阻断滤片选择所要侧定的荧光波长，这样用两个光电倍增管就能够同时测定二种不同波长(入:和入:)的荧光，荧光丈量具备高度的灵敏性。
  活动的悬浮细胞与激光相遇时还会产生散射光，在0.5-2范围内的前向小角度散射光(有些仪器可扩展到150)被网络用来测定细胞体积，电子显微镜这种丈量称为近前向角散射。在这种情况下所产生的散射光灯号根基上与细胞的体积有关，散射光检验器普通用光电二极管。
  激光束照射截面大于流束中的细胞，因而这种尼康电子显微镜不能够供应关于细胞形状学方面的消息，电子显微镜因此这种体系被称为零分辩力体系。若用一种线状聚焦的激光束或缝来照射活动的细胞，在细胞通过激光束缝的不同时间间隔测定细胞的荧光，就可获取一维的细胞表面。用计较机剖析细胞表面，数码电子显微镜能够计较出细胞的直径、核的直径、核与细胞直径之比、胞质荧光、核荧光以及别的低分辩形状学参数。
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